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科技服務

SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

small RNA測序

產品簡介

 Small RNA是一類長度在18-30nt范圍的調控因子,在基因表達調控、生物個體發育、代謝及疾病的發生等生理過程中起著重要的作用。

研究內容

1) 測序質量值分布統計;

2) 測序堿基質量控制;

3) 測序數據產出統計;

4) 樣品間公共及特有序列分析(兩個或兩個樣品以上);

5) 與參考序列進行比對;

 6) 與相關生物數據庫(miRBASE、RepBASE、Rfam、SILVA、ncRNAs等)及參考基因組比對,分類注釋Small RNA;

7) miRNA鑒定:已知miRNA鑒定;

8) miRNA長度分布分析;

9) miRNA基因組分布分析(針對有ref物種);

10) 預測新miRNA及二級結構模式圖繪制;

11) miRNA堿基偏好性分析;

12) miRNA堿基編輯分析;

13) miRNA家族分析;

14) miRNA定量分析;

 15) miRNA差異表達分析:重復相關性檢測;差異表達篩選;差異表達miRNA統計;

16) 差異表達miRNA篩選;

17) 差異表達miRNA聚類分析;

18) miRNA靶基因預測;

19) 差異表達miRNA靶基因注釋;

20) 差異表達miRNA靶基因的GO分類;

21) 差異miRNA靶基因GO富集層次分析;

22) 差異miRNA靶基因的COG注釋;

23) 差異miRNA靶基因KEGG注釋;

24) 差異miRNA靶基因KEGG通路富集分析。

結果展示

送樣建議

1) 樣品類型:總RNA;
2) 樣品濃度:≥50ng/μg;
3) RNA總量:≥3μg;
4) RNA純度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260處有正常峰值;
5) RNA完整度:電泳檢測28s/18s≥1.5或RIN≥7.5(動物)、7(植物、真菌),基線平整(軟體等無28S物種)。


010-80543251

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