產品簡介

 微生物多樣性分析是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。它是通過對樣本中微生物16S/18S/ITS高變區的擴增產物進行高通量測序，分析該樣品中微生物群落的多樣性和分布規律。

 微生物多樣性主要的研究對象為：細菌（16S）、真菌(18S/ITS)、古細菌(16S)。由于目前高通量測序技術受其測序讀長的限制，所以往往需要針對測序對象的部分區段進行測序分析，因而又稱為擴增子測序。特別在研究共生菌時，一般會有來自宿主的污染，建議單個樣本的測序數據量從傳統的3-5萬tags提高到8-10萬tags。

研究內容

1) 序列優化及質控
2) 測序數據介紹
3) 數據過濾及質量評估
4) 各樣本ASV數量展示
5) ASV韋恩圖分析
6) 物種分類與相對豐度統計
7) 物種豐度聚類熱圖
8) 分類學樹狀圖
9) KRONA物種注釋
10) Ternary 三元相圖
11) 樣本與物種豐度circos圖
12) Metastat分析
13) LEfse分析
14) 物種豐度STAMP(Welch’s t-test)分析
15) Alpha多樣性指數統計
16)  樣本豐富度稀釋曲線
17) 香農指數曲線(Shannon index curve)
18) 物種累積曲線
19) 等級豐度曲線(Rank Abundance Curve)
20) Alpha多樣性指數組間差異分析
21) Beta多樣性分析
22) PCA分析
23) PCoA分析
24) UPGMA聚類樹分析
25) 樣本距離矩陣熱圖展示
26) 限制性主坐標軸分析(db-RDA)
27) 組間群落結構差異顯著性檢驗

28) Adonis多元方差分析和置換檢驗

29) ANOSIM相似度分析

30) MRPP分析

31) Beta多樣性相似性組間差異分析

32) 功能基因預測分析

33) PICRUSt2功能預測

34) 功能注釋PCA分析

35) pathway代謝通路差異分析(STAMP)

36) FAPROTAX功能預測

37) 物種相關性網絡圖

38) 隨機森林分析

39) 隨機森林無監督分類分析

40) 交叉驗證選擇最佳數量物種

41)  隨機森林分類預測

42) 微生物群落與環境因子相關性分析

43) 環境因子之間自相關性分析

44) Mantel test分析

45) RDA/CCA分析

46) db-RDA環境因子分析

結果展示

送樣建議：

1、一般以土壤、水體、腸道、根際等微生物為研究對象；

2、樣品選取需要以時間、地域、深度、部位等為參考，建議每個樣品設置3個以上生物學重復；

 3、DNA要求：總量≥150ng，濃度≥50ng/μl，OD260/280：1.8-2.0，電泳要求：主帶清晰，無降解或輕度降解；

4、組織樣要求：土壤、根系等固體樣本約1-3g；菌液樣本需離心取沉淀物，不少于50mg；