產品簡介
原核轉錄組測序分析是針對原核微生物設計開展的轉錄組學測序分析研究。微生物在特定生境或時期中會表現出基因表達差異性,以此應對環境變化。由于原核生物mRNA沒有polyA尾結構,所以需要去除核糖體RNA、構建鏈特異性文庫等實驗步驟,最終獲得特定時期或者環境下微生物體內所有轉錄本(包括mRNA,非編碼RNA等)的表達量差異信息及功能特征,從而找出關鍵的差異功能基因。
研究內容
1) 測序質量值分布統計;
2) 測序堿基質量控制;
3) 測序數據產出統計;
4) 與參考基因組比對分析;
5) 基因表達定量;
6) RNA-Seq整體質量評估:Insert長度檢驗;測序隨機性分析;測序飽和度分析;
7) SNP分析;
8) 新轉錄本預測;
9) 基因結構優化分析;
10) UTR分析;
11) 反義轉錄本預測;
12) 重復相關性檢測(有生物學重復);
13) 不同樣品表達量對比(兩個或以上樣品);
14) 差異表達基因篩選(兩個或以上樣品);
15) 差異表達基因聚類分析(兩個或以上樣品);
16) 差異表達基因的功能注釋及富集分析(兩個或以上樣品): 差異表達基因GO功能富集;差異表達基因COG分類;差異表達基因KEGG注釋;差異表達基因KEGG通路富集分析;
17) sRNA分析。
結果展示
送樣建議
1) 樣品類型:總RNA;
2) 樣品濃度:≥50ng/μg;
3) RNA總量:≥2μg;
4) RNA純度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260處有正常峰值;
5) RNA完整度:RIN≥6.8。